Sencillo, haremos uso de mkdosfs. Debemos insertar el pendrive (debe estar desmontado) Como root desde la consola escribimos lo siguiente:
mkdosfs -I -n nombre_del_volumen /dev/???
nombre del volumen = Nombre que desees dar al volumen
??? = Dispositivo
Por ejemplo: mkdosfs -I -n mivolumem /dev/sda
El nombre del dispositivo varia de acuerdo al puerto USB donde conectaste el pendrive, pudiendo ser: sda, sda1, sdb, sdb1, etc.
De esta manera podras usar tu pendrive tanto en sistemas GNU/Linux como en el Ventanas.
